Hvordan klimaendringer vil påvirke El niño, La niña og ENSO i fremtiden er høyst usikkert. Bakover i tid har styrken av ENSO variert mye. Det har vært flere sterke El niño og La niña siden 1950 enn i hundreåret før, men slike variasjoner er ikke uvanlig og trenger ikke å skyldes klimaendringer.
For fremtiden viser ulike klimamodeller ulik utvikling, og resultatene avhenger også av tilfeldige værforhold som ikke har noe med ENSO å gjøre, og av hva slags utslippsscenario man bruker.
Mange av dagens klimamodeller har også problemer med å gjenskape temperaturen i deler av det tropiske Stillehavet korrekt, og det skaper også problemer når man skal modellere hendelser som El niño og La niña.
Konklusjonen er at man ikke kan avskrive noen av mulighetene – verken at ENSO blir sterkere eller svakere.